Práctica 15. Secuenciación automática del genoma humano 23/05/2019

OBJETIVO

  • El objetivo de esta práctica es leer secuencias de ADN obtenidos a partir de técnicas de secuenciación automáticas de ADN. Los datos se analizaron utilizando las bases de datos disponibles al público para identificar los genes y productos genéticos. El impacto de la genómica se discutirá en el contexto de la sociedad actual.

COMPONENTES DEL KIT



SECUENCIAS

  • Secuencia de ADN 1 
    • Línea1:GNNNNNTGGNNNNNNNATANTTGCGGCCGCGGTTTTNTTTTTTTNTTNNNCNNGGAGCACAANCNAATGNANTGTGTTGTTGTGGCGARGGC-GARGGCGCCGTTHHTAAAACTGTCTCCTGATATCCTACACAACAAACAAATTTCAT 
    • Línea2:CGGAGTATGTACCGACTGTTTTTGACAACTATGCAGTCACAGTTATGATTGGTGGAGAACCATATACTCTTGGACTTTTTGATACTGCAGGGCAAGTTATGA-CAGATTACGACCGCTCACTTATCCACAAACAG 
    • Línea3: ATGTATTTCTAGTCTGTTTTTCAGTGGTCTCTCCATCTTCATTTGAAAACGTGAAAGAAAAGTGGTGCCTGAGATAACTCACCACTGTCCAAGACNCCTTTCTT-GCTTGTTGGGACTCAAATTGATCTCAACGAGATGACCC 
    • Línea4:CTCTACTATTGAGAAACTTGCCAAGAACAAACAGAAGCCTATCACTCCANAGACTGGGTGAAAAGCTGGCCCGTGACCTGAANGCNGTCAAAGTATGTG-GAGTGTTCTGCACTTACACAGCAGANGTCTGAAAAATGTGTTNATGAAGC
  • Secuencia de ADN 2
    •  Línea 1:TGCNNNNNTGGNTNNGGNNNNNATTGNNTCNCTNTACCATGCNNGNGCACAANGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGCAAAGCGTACAAAGGTTC-CAAGGGACAGGACCAAGAACGAGGGGCTGAGACATTTACAACAGCAGGCATT*
    •  Línea 2:TTTCTCTTCCTCTTCTTCACGGGAGGCGGGCANAGGACTGCTCGGATCGCTTCGTCAAACACTGTCTTGAGGCCTCNCTGTGTGAGCGCCGAGCACTCCAG-GTATTTTACAGCACCAATCTCCTTANCCATGGCTANAC
    •  Línea 3: CCCTGCGGATAGGTGATGGGAGTCAGCTTCTTCBCCTTCAGTTTCNCNATCGTGTCTTTATCATCCCTAAGATCAAGTTTAGTTCCCACTANGATGATGGGAGT-GTTGGGACAGTGGTGCCGCACCTCAGGATACCACTT 
    • Línea 4:TGCACGGACATTTTCAAATGATGCAGGACTCACAAGGGAAAAGCAAATTAAGAACACATCTGTTTGCGGATAGGATAGGGGGCGTATTCTGTCATA-ATCTTCTTGTCCAGCTGTATCCCAAAAAGCCCAGATTCACCGGTTT
  • Secuencia de ADN 3
    •  Línea 1:TGNNNNNNTGNNNNNNNGNNANAACGAAGTGCAGACTCAAAAGTGCCATCTCCCTCCCGACCATTGGAGGATCCCAAGCTCTATGTTGCCCTTATTGT-CACCAGTGACATTTAATTCCAAACAGGAGTCCTTCGGGCCAGCAA 
    • Línea 2:GCTGCCCAGGCTTAGCTGCGAGCCCGTCATGGAGGAAAAAAGCTCAGGAGAAAACCAGTCTGTTGGAGAATGGGACAGTCCACCAGGGAGACACCTC-GTGGGGCTCCAGCGGTTCTGCATCTCAGTCCAGCCAAGGCAGA
    •  Línea 3: GACAGCCACTCCTCCAGCCTGTCCGAACAGTACCCCGACTGGGCCAGCCGAGGACATGTTTGACCATCCCACCCCATGCGAGCTCATCAAGGGGAAAGAC-TAAGTCAGAGGAGTCCCTCTCTGACCTTACAGGTTCCCTCCCTCCTCTCC
    •  Línea 4:CCTGCAAGCTTGATCTTGGGCCCTCACTTTTGGATGANGTGCTGAATGTTATGGATAAAAATAAGTAACTCGAGCATGCATCTAGAAGGGCCTATTCTATA-ATGTCACCTAAATGCTAAACCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCNT

EJERCICIO 1

  • Ahora que está familiarizado con el proceso de inscripción y presentación de BLAST, lea el análisis de la secuencia de ADNde la copia impresa del gel (cualquier carril) y encuentre el gen que identifica esta huella.
  1. Identificar la secuencia de nucleótidos (nucleótidos 100-200) a partir de la lectura de la secuencia de ADN.
  2. Escriba al menos 70 bases en el cuadro de consulta del programa BLAST en la página web del NCBI. Las bases pueden ser de cualquier región de la secuencia, pero deben ser contiguas. 
  3. Leemos secuencia 1 línea 3:
    LÍNEA 3
    ATGTATTTCTAGTCTGTTTTTCAGTGGTCTCTCCATCTTCATTTGAAAACGTGAAAGAAAAGTGGGTGCCTGAGATAACTCACCACTGTCCAAAGACNCCTTTCTTGCTTGTTGGGACTCAAATTGATCTCACGAGATGACCCC
    • ¿Cuál es el nombre de este gen?
      • Cell division cycle 42.
    • En comparación con la entrada GenBank, ¿qué cadena has leído?
      • Cadena positiva.
    • ¿Se puede encontrar algún artículo escrito sobre este gen? Anote el nombre de uno de los autores que han contribuido.
      • https://www.nature.com/articles/s41598-017-10891-0
    • Al identificar una enfermedad causada por mutaciones en este gen. ¿Cuáles serían los motivos deun médico para realizar una búsqueda para esta enfermedad? ¿Y si quien realiza la búsqueda es una compañía de seguros? 
      • Para aprender más sobre la enfermedad y poder aplicar los métodos adecuados.
     

EJERCICIO 2

  • Intercambiar la copia de secuencia automática con otro grupo y enviar la secuencia de análisis BLAST. Anote el gen. Seleccione una secuencia asociada a un documento publicado, grabar el título y el primer autor del artículo.
  • Leemos:
    SECUENCIA 3
    LÍNEA 2
    5'-GCTGCCCAGGCTTAGCTGCGAGCCCGTCATGGAGGAAAAAGCTCAGGAGAAAAGCAGTCTGTTGGAGAATGGGACACAGTCCACCAGGGAGACACCTCGTGGGGCTCCAGCGGTTCTGCATCTCAGTCCAGCCAAGGCAGA-3'
     
  • ¿Qué es la bioinformática?
    • Es una disciplina que combina la informática, la biología y la tecnología de la información.
  • Nombre dos métodos de secuenciación.
    • La secuenciación de terminación de la cadena y la Secuenciación por síntesis.
  • ¿Qué suposición hace BLAST? ¿Cuáles son las ventajas y desventajas de hacer esta suposición?
    • Una secuencia de nucleótidos se compara con otras secuencias en la base de datos de nucleótidos. Para cada una de las tres secuencias, los estudiantes deben identificar una enfermedad humana potencial y discutir temas bioéticos relacionados.

Comentarios

Publicar un comentario