Práctica 14. ADN Bioinformática 20/05/2019

OBJETIVO

  • El objetivo de esta práctica es aprender a utilizar la herramienta BLAST bioinformatics. En primer lugar leemos  las autorradiografías de secuenciaciones automáticas de geles. A continuación, se analizan los datos resultantes utilizando las bases de datos disponibles al público (BLAST) para identificar los genes y productos genéticos.

COMPONENTES DEL KIT

  • Esta práctica contiene un total de 3 series de 4 autorradiografías de secuenciaciones automáticas de geles. En este protocolo se ha utilizado la base de datos ofrecida por el Centro Nacional de Información Biotecnológica, NCBI (National Center for Biotechnology Information).

PROCEDIMIENTO

EJERCICIO 1

  • Es útil para familiarizarse con la autorradiografía mediante la lectura de la secuencia de ADN de la muestra número 1.
  • Comenzar en la flecha y leer hacia arriba el gel durante 20 nucleótidos. Escribir la secuencia de ADN. Buscar la secuencia en la base de datos del NCBI utilizando el programa BLASTN.
  • Leemos 5'- TACAAATAGTTACCTTGGAACATCAAACGT -3'
  • Comenzar en la flecha y leer hacia arriba el gel durante 30 nucleótidos. Escribir la secuencia de ADN. Buscar la secuencia en la base de datos del NCBI utilizando el programa BLASTN.
  • Con los resultados obtenidos de la autorradiografía #1:
    • ¿Los resultados obtenidos con BLASTN para la primera y la segunda búsqueda se parecen entre sí?
      • Sí, ya que la primera parte de la secuencia es igual.
    • ¿Cuál es el nombre de este gen?
      • XM_021162809, factor de replicación C.
    • ¿A qué organismo es probable que pertenezca la secuencia de ADN deeste ejercicio? 
      •  Mus musculus.

EJERCICIO 2.

  • Leemos el análisis de la secuencia de ADN de la autorradiografía correspondiente ala muestra #2. Comenzamos a leer a partir de los 6 cm desde la parte inferior de la autorradiografía.
  • Leemos:
    5'-GGACGACGGTATGGAATAGAGAGGAAGTTCCTCTTGAAACTTGGCAATCATTTCTATTAATTAATCCAACGATTGGACATTTGGGGTGGACTCAGTTTTTGAAGATAGGCAGTATATCTGCACTTGCATCCACATGTTTCAACGGAATTCATGTTGCAGTTGCCATCAGAGCATGCATGAGCAATGCGTACAATCCAGGCATGGACGGGATCACTGATCAGATGCGTGATCGCAGTCTGCAGTATCGACTAGCAGTACCG'-3.


  •  ¿Cuál es el nombre de este gen?
    • UEV.
  •  ¿Cuál es la cadena simple que representa la secuencia de consulta?
    • La cadena positiva.
  • ¿Cuál es la cadena simple que representa la secuencia "hit"?
    • La cadena negativa.

EJERCICIO 3

  • Leemos la secuencia de ADN de la muestra #3. Comenzar desde la parte inferior de la banda y escribimos la secuencia de ADN.
  • ¿Cuál es el nombre de este gen?
    • Tho GTPase activating protein 5.
  • ¿Cuántas pares de bases, aproximadamente, tiene este gen? 
    • 7933 pb. 

EJERCICIO 4

  • En esta sección se muestra la interacción de dos proteínas codificadas por dos genes.Las interacciones proteína-proteína desempeñan un papel fundamental en prácticamente todos los procesos en una célula viva.
  1.  Leemos la secuencia de ADN obtenido de la muestra #4. Comenzar desde la parte inferior de la banda y escribir alrededor de 30 pares de bases de la secuencia de ADN. Leemos: 5'-ACAGCTTGGGTGGTCATATGGCCATGGAGC-3'
  2.  Subimos alrededor de un tercio de la altura de la tira (~ 14 cm) y leer una parte de esta sección de la secuencia de ADN. Leemos: 5'-GAGACGGAGCTGTAGGTAAAACTTGCCTA-3'

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